I tre organi di Swissmedic sono il Consiglio dell'Istituto composto da 7 membri, il direttore e l'ufficio di revisione. I compiti del consiglio dell'Istituto sono analoghi a quelli di un consiglio d'amministrazione di una società anonima.
Il Consiglio dell'Istituto è composto dalle persone seguenti:
Presidente
Membri
Primario Ospedale cantonale di Friburgo
Responsabile del Dipartimento cantonale della sanità di Basilea Città
Direttore dell’Istituto di diritto sanitario, Neuchâtel
Secondo Vicelandamano del cantone di Appenzello Interno
In pensione; primaria nel reparto di medicina intensiva adulti CHUV (Centro ospedaliero universitario vodese)
Farmacista cantonale, Dipartimento della Sanità e della Socialità, Cantone Ticino